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前瞻基因产业全球周报第23期:美国首次检出超级细菌基因,终极抗生素面临巨大危机

字号+作者:qsd 来源:前瞻网 2019-06-17 16:50 收藏成功收藏本文

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  基因(遗传因子)是遗传的物质基础,是DNA或RNA分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列。基因技术的应用领域包括基因检测、基因编辑、基因诊断、基因治疗和基因克隆等方面。

  在上周的周报中提到,贺建奎基因编辑婴儿事件已经过去半年多,但与之相关的 CCR5基因研究还在逐渐被披露。《自然医学》于 6 月 3 日刊登的一篇研究论文发现,CRISPR技术在这对婴儿中插入的基因突变与过早死亡的风险增加有关。具体来说,这项研究发现,这种被称为CCR5-delta 32的突变(这种突变在一小部分人身上自然发生)与76岁前死亡风险增加20%有关。

  最近基因产业还有哪些大事发生呢?那么就来跟着前瞻经济学人一起看看吧。

  

  美国首次在患者样本中检出超级细菌基因:终极抗生素面临巨大危机

  “超级细菌”是当前全球公共卫生领域面临的一个大敌,因为即便目前最强的抗生素治疗手段,都可能完败于超级细菌的抗药性。

  近日,外媒报道了一件令美国医护人员感到颇为遗憾的事情 —— 他们首次在该国一名患者留存的样本中,检出了对“终极抗生素”有抗性的超级细菌基因 —— mcr-3.1 。

  据悉,沙门氏菌是一种经常引发食物中毒的细菌,通常它只会引发感染。但在抵抗力不佳的年轻人、或者免疫力受损的老年人身上,症状可能会严重得多。

  通常情况下,医护人员会提出通过抗生素来治疗沙门氏菌感染。不幸的是,与许多其它细菌一样,目前沙门氏菌已经对大多数抗生素药物产生了抗药性。

  黏菌素被认为是抵抗超级细菌的终极手段,但现在可能过不了多久,这座最后的堡垒都有可能被超级细菌给攻破。

  外媒指出,这种被称作 mcr-3.1 的基因,可以让沙门氏菌这样的细菌,获得对黏菌素的抵抗能力。

  多年来,这个危险的基因一直被公共卫生领域密切观察着。但现在,它已经首次冲击到了美国的海岸。

  新研究通讯作者 Siddhartha Thakur 表示:“公共卫生官员对这种基因的了解,已经有一段时间了”。

  早在 2015 年的时候,他们就已经知晓了 mcr-3.1 基因从染色体到质粒的转移,这一特性为该基因在生物体之间的转移传播铺平了道路。

  以大肠杆菌为例,因为它与沙门氏菌属于同一家族,所以质粒可以在两者之间更加轻松地传递。一旦 mcr-3.1 不受控制,就会迅速扩散到至少 30 个国家和地区。

  研究人员指出,新案例实在针对该基因的常规监测期间被发现的,该项目旨在对新菌株的耐药性展开持续密切的关注。

  研究人员对 2014-2016 年间,来自美国东南部人群的 100 份临床人体粪便样本中的微生物进行了基因组测序。

  结果在其中一个样本中,他们惊讶地发现了 mcr-3.1 基因 —— 该样本来自去中国旅行后感染沙门氏菌的患者。

  更糟糕的是,因为样本来自于 2014 年,这意味着该基因现在或许已经在全美范围内广泛传播,甚至已经传递到了更加危险的大肠杆菌株系。

  当然,超级细菌的出现,并不意味着人类将就此迎来末日。新的抗生素一直在积极研发中,抗菌灯和其它材料技术也在不断发展。

  通过将不同的新方法配对组合使用,研究人员有望找到应对 mcr-3.1 基因的新途径,甚至一些较老的药物、也有望在分子技术的加持下再次焕发活力。

  有关这项研究的详情,已经发表在近日出版的《医学微生物学》(Journal of Medical Microbiology)杂志上。原标题为:

  《Multidrug- and colistin-resistant Salmonella enterica 4,[5],12:i:- sequence type 34 carrying the mcr-3.1 gene on the IncHI2 plasmid recovered from a human》

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  大米好不好吃 “祖先基因”说了算

  大米是南方人常见的食物,研究发现大米能否更好吃可能由一个“祖先基因”说了算。扬州大学农学院教授刘巧泉团队的最新研究揭示了控制稻米蒸煮与食味品质最重要的基因——蜡质基因(Wx)的祖先等位基因Wxlv的相关分子遗传机制,为稻米蒸煮与食味品质改良提供了重要基因资源和技术支撑。相关成果日前在线发表于《分子植物》。

  直链淀粉含量是衡量稻米品质的最重要指标,而直链淀粉是由Wx基因编码的淀粉颗粒结合淀粉合成酶催化合成的。科学家此前已在栽培稻中克隆了多个Wx复等位基因并广泛应用,但它们之间的演变和分化关系并不明确。此次,刘巧泉团队成功克隆了其祖先等位基因Wxlv,并阐明了栽培稻中不同Wx等位基因间的进化关系。

  小麦“癌症”小麦治 关键基因来助阵

  小麦赤霉病是由真菌镰刀菌引起的最具毁灭性的世界性小麦病害,堪称小麦“癌症”,至今仍未得到有效解决。日前,南京农业大学马正强教授团队通过图位克隆的方式,找到了抵抗小麦“癌症”的关键基因Fhb1,为战胜小麦赤霉病提供了有力的武器。这项成果发表在新一期《自然·遗传学》杂志上。

  马正强教授团队在我国长江中下游的抗病优异小麦基因资源“望水白”和“苏麦3号”中,发现了关键基因Fhb1。他们分析了643份普通小麦品种中Fhb1基因对应染色体区段的遗传变异,发现Fhb1基因很可能起源于我国长江中下游地区,是我国特有的优异小麦基因资源。科学家通过分子标记辅助选择的方法,将Fhb1基因导入到来自江苏、山东、河南、四川等省的中感或高感赤霉病小麦品种中,使这些小麦品种抗赤霉病扩展能力可提高76%

  我国科学家成功绘制玉米高分辨三维基因组图谱

  华中农业大学科研团队近日成功绘制玉米活跃表达基因参与的高分辨率三维基因组图谱,鉴定了基因组顺式调控元件三维互作模式,揭示了玉米三维基因组结构调控基因的表达进而影响表型变异的潜在机理。系列成果表明,玉米高分辨率三维基因组的研究对于玉米功能基因组的研究,以及对于玉米复杂农艺性状的研究都有重要的意义。这一研究成果近日在线发表在国际学术期刊《自然·通讯》。

  玉米基因组中超过80%序列都位于基因间区,其中包含许多已经鉴定的影响重要农艺形状的遗传变异,但是,玉米中这些位于基因间区的顺式调控元件影响基因表达的机制尚不清楚。三维基因组手段是破解遗传机理的“关键钥匙”,通过三维基因组的手段来解析玉米中顺式调控元件的作用机制显得尤为重要。而传统三维结构研究方法受限于精度不高等因素,很难得到高分辨率的三维结构图谱,制约了科学家对这一机制的破解。

  

  Cell:非吸烟肺腺癌的基因组重排早在癌症确诊前30年就已存在

  在一项新的研究中,来自韩国科学技术高级研究院(KAIST)和首尔大学等研究机构的研究人员发现早在童年和青春期发生的灾难性基因组重排可导致非吸烟者在晚年患上肺癌。这一发现发有助于解释一些与非吸烟有关的肺癌是如何产生的。相关研究结果近期发表在Cell期刊上,论文标题为“Tracing Oncogene Rearrangements in the Mutational History of Lung Adenocarcinoma”。

  这些研究人员证实非吸烟者体内的基因融合大多较早地发生,有时早在儿童期或青春期,平均而言在肺癌确诊前三十年发生。这项研究表明,这些携带致癌种子(oncogenic seed)的突变肺细胞几十年来一直处于休眠状态,直到进一步的许多其他突变充分积累才进展为肺癌。这是首次揭示肺腺癌基因组结构变异景观的研究。

  俄罗斯科学家计划制造更多的基因编辑婴儿

  一位俄罗斯科学家表示他计划制造基因编辑婴儿,这一举动将使得他成为已知的第二个这样做的人。这也将违背科学共识,即在国际伦理框架就证实这样做合理性的情形和安全措施达成一致之前,应当禁止此类实验。

  分子生物学家Denis Rebrikov告诉Nature期刊,他正在考虑将经过基因编辑的胚胎(也称为基因编辑胚胎)植入女性体内,这很可能在年底之前就可开展,前提是到那时他能够获得批准。2018年11月,当中国科学家贺建奎宣布他已制造出世界上第一批经过基因编辑的婴儿(一对双胞胎)时,这一举动引起了国际社会的强烈谴责。

  Nature:基因编辑技术开发猴子模型可用于治疗自闭症

  利用基因组编辑系统CRISPR,麻省理工学院和中国的研究人员开发了自闭症的猴子模型。这些猴子表现出一些特定的,类似于患有自闭症的人类患者的行为特征和大脑连接模式。

  此前,基于自闭症和其他神经发育障碍的小鼠模型,科学家们研究出了许多候选药物用于临床试验,但它们都没有成功。然而,这种新型模型可以帮助科学家们为某些神经发育障碍开发更好的治疗方案。

  千年“基因历史”揭示酿酒葡萄遗传起源

  英国《自然·植物》杂志10日在线发表的一项基因学研究,揭示了酿酒葡萄的遗传起源。研究指出,一些近900年前栽培的葡萄品种至今仍为人类所用。

  研究人员发现,所有样本都来自驯化品种,而非野生葡萄种,且所有样本都与现今的酿酒品种有较近的亲缘关系。团队鉴定了一个可追溯至公元1050年至公元1200年的样本,发现其与现今名为白萨瓦涅(Savagnin Blanc)的品种具有相同的遗传学特征,说明这一品种在法国已有近900年的栽培历史。

  新研究揭示面部容貌与基因的关联

  根据最近发表在《Nature Communications》杂志上的一项研究,研究者们找到了DNA与面部容貌之间的关系。

  我们的外表,包括面部容貌,都与遗传因素相关。科学家已经确定了多个影响我们脸部形状的基因,然而,这并不意味着我们可以根据DNA样本绘制某人的脸。 “我们相信我们脸部的形状是由数以千计的基因决定的,也取决于其它环境因素,例如我们吃的食物和其他生活条件等。因此,我们不可能单独用DNA来准确预测容貌。”然而,对于法医分析和其他应用来讲,找到DNA样本与DNA数据库中的某个人之间的匹配关系就已经足够。

  全球规模最大肺炎链球菌基因组普查完成

  一个国际科研团队新近完成了迄今最大规模的肺炎链球菌“基因组普查”。研究人员对来自51个国家和地区的约2万份病菌样本进行基因组测序,相关数据对了解不同菌株的分布和进化有重要意义,可帮助确定未来的疫苗研发方向。

  这个名为“全球肺炎链球菌测序计划”的项目由英国韦尔科姆基金会桑格研究所主导,美国、以色列、南非和中国香港等地的多家机构参与。相关论文发表在英国《柳叶刀·传染病》杂志上。

  CRISPR编辑系统升级 利用“跳跃基因”精确插入DNA片段

  顶尖学术期刊《科学》最新上线发表的一篇论文中,Broad研究所、麻省理工学院McGovern脑研究所的张锋教授与其同事带来了一款全新的CRISPR基因编辑工具,利用“跳跃基因”,让DNA片段插入基因组变得更加容易。大肠杆菌中的实验结果显示成功率达到80%,远高于经典CRISPR系统。

  革命性的基因编辑工具CRISPR/Cas系统实现了在基因组特定位点进行精准编辑。不过,以经典的CRISPR/Cas9为例,从基因组中删除DNA片段相对容易,要用另一段序列替换原有DNA片段则困难得多。原因在于,“基因剪刀”Cas9把DNA切断后,DNA双链通过内源损伤修复通路自然愈合,新DNA片段的整合依靠同源重组或非同源末端连接来实现,效率低,而且在很多细胞类型中不起作用。

  基因泰克ADC获加速批准 完全缓解率可翻倍

  上周,美国FDA宣布加速批准基因泰克的抗体偶联药物Polivy(polatuzumab vedotin-piiq)上市,与苯达莫司汀与rituximab联合使用,治疗难治的弥漫性大B细胞淋巴瘤成人患者。FDA指出,针对这一疾病,这也是首款免疫化疗(chemoimmunotherapy)。

  弥漫性大B细胞淋巴瘤缩写为DLBCL,是最为常见的非霍奇金淋巴瘤。据估计,每年美国新发DLBCL病例数超过1.8万。尽管许多患者的病情在最初治疗后可以得到有效控制,依然有30%-40%的患者会最终出现病情复发。

  “基因魔剪”新系统无需断链编辑基因

  在一项新的研究中,来自美国麻省理工学院、布罗德研究所和美国国家卫生院(NIH)的研究人员发现CRISPR相关的转座子可用于将定制的基因插入到DNA中而不需要切割它。相关研究结果于2019年6月6日在线发表在Science期刊上,论文标题为“RNA-guided DNA insertion with CRISPR-associated transposases”。在这篇论文中,他们描述了他们的新型基因编辑技术,以及它在细菌基因组中进行测试时的效果。

  近年来,CRISPR基因编辑技术因它具有治疗遗传性疾病的潜力而成为头条新闻。不幸的是,尽管围绕这种技术进行了大量研究,但它仍然不适合用于人类患者。这是因为这种技术容易出错---在切割DNA链时,CRISPR有时也会进行脱靶DNA切割,从而导致意料之外的不可预测的后果(有时会导致癌症)。在这项新的研究中,这些研究人员找到了一种方法,即将CRISPR与另一种蛋白结合使用,对DNA链进行编辑而不对它进行切割---他们称之为CRISPR相关转座酶(CRISPR-associated transposase, CAST)。

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  人体有23对染色体,你知道它们相对应的疾病有哪些吗?

  人体有22对常染色体和一对性染色体,染色体是人体遗传物质的载体,因此它的重要性不言而喻。但是染色体的缺失通常会导致重大的疾病问题,而这也就是胚胎要做23对染色体筛查的原因?

  下面我们将带领各位读者一起来了解下23对染色体它们分别对应的疾病是哪些。

  1号染色体,是第一大染色体。

  2号染色体,是第二大染色体,含有能编码人体最大蛋白基因:由3.3万多个AA组成的激酶。

  3号染色体,在单个染色体水平发现的蛋白质编码基因最多,其中包括许多重要的chemokine受体基因簇,复合人类癌症基因,比如FHIT。

  4号染色体,可能包含与亨廷顿氏病、多囊肾、肌肉萎缩症、沃夫─贺许宏氏症(一种因4号染色体短臂缺失导致的先天智障)等罕见疾病相关的基因。

  5号染色体,包含了许多染色体内部副本,是基因密度最低点的染色体之一。

  6号染色体,包含了导致遗传性血色素沉着病、帕金森氏症、癫痫等疾病的基因。这一染色体上基因的异常也是造成精神分裂症、癌症和心脏病等多种遗传性疾病的原因。也包含了一些MHC。

  7号染色体,第一个等臂染色体,其测序成功有助于研究治疗囊性纤维化、孤独症、耳聋、抽动——秽语综合征、视网膜色素变性、肾母细胞瘤、白血病和淋巴瘤等多种癌症以及其他疾病。

  8号染色体,含有大脑和免疫功能的遗传基因,有可能与人类进化密切相关。

  9号染色体,95个基因与疾病有关,其中之一可抑制肿瘤形成。

  10号染色体,85个基因与疾病有关。这些基因的突变可能引发乳腺癌、前列腺癌和脑癌等。还有一些基因与复杂的代谢疾病和精神疾病有关,例如I型糖尿病、精神分裂症和阿耳茨海默氏症等。

  11号染色体,人类856个嗅觉受体基因中40%以上是定位在这个染色体上,还有86个未知分子机制的相关基因,包括几个mendelian traits、癌症和易感基因位点。

  12号染色体,有一个目前在人类基因组上发现的最大的连锁不平衡,还有若干在特定类型的癌症、运动失调症、以及还可能包括“阿尔茨海默氏症”在内的疾病中发生突变的基因。

  13号染色体,染色体密度小(6.5gene./Mb),包括与乳腺癌相关的BRCA2基因,和与眼癌、精神分裂症有关的基因

  14号染色体,有大约60多个与遗传疾病密切相关的基因,其中包括一个此前已被发现与阿尔茨海默症有联系的基因。还有另2个对于人体免疫系统具有重要意义基因以及一些与其它病症有关的基因。

  15号染色体, 是目前已知的7个大片段扩增的人类染色体之一,这一染色体复制的不寻常之处就在于这种片段扩增集中在两个相隔甚远的区域——15号染色体长臂近端和远端,而不是沿染色体分布,其中远端区域包含了可引起Prader-Willi和 Angelman综合症的基因缺失。而且大部分染色体之间的复制都有一个共同的祖先。

  16号染色体 是DNA修复基因所在之处。对16号染色体分析的结果还会对重金属的解毒和运输有重要意义。

  17号染色体,很特殊的染色体,包括多种与疾病有关的基因例如确定出的第一个乳腺癌基因BRCA1、神经纤维瘤基因NF1、与修复DNA损伤有关的 TP53基因、SMS(Smith-Magenis综合症)和CMT1A。

  18号染色体,只有三种染色体异常(形成三倍体)的人可以长大,这在其中包含了18号染色体。另外还有许多遗传疾病是由于18号染色体的三倍体或非整倍而造成的。尽管基因密度低,但它所有哺乳动物进化上保守的非编码蛋白区域所占比例与整个基因组范围的平均值相接近。

  19号染色体,包括与遗传性高胆固醇和抗胰岛素糖尿病相关的基因,人体遭到辐射或其他环境污染,控制DNA修复的基因也在该染色体上。

  20号染色体,是被破译的第一对具有典型长短臂结构的人类染色体,为糖尿病、肥胖症、小儿湿疹等疾病的治疗找到了新方法。

  21号染色体,最短的染色体,发现许多与疾病相关的基因均分布在这一染色体上,特别是先天愚型、早老性痴呆、癫痫等一些神经系统的疾病。

  22号染色体, 与先天性心脏病、免疫功能低下、精神分裂症、智力低下、出生缺陷以及许多恶性肿瘤如白血病等有关。

  X号染色体,X染色体上一旦出现某个基因,就不会在进化中再失去它。同时X染色体与遗传性疾病高度相关,还有许多与智力缺陷有关的基因以及人类基因组中称为DMD的最大基因。

  Y号染色体,这个一向被认为很脆弱的性染色体内部存在一些“回文结构”,可能有着基因修复作用,使它在一定程度上能够自我修复有害的基因变异。这一成果增进了人们对男性不育症的了解,有助于研究更好的诊断和治疗方法。它还将重新激起有关性别的进化历程的争论。

  

  百时美施贵宝斥资740亿美元收购新基,创制药史上最大并购案

  今年年初,美国制药巨头百时美施贵宝(Bristol-Myers Squibb)宣布将以现金加股票的形式收购生物制药公司新基制药(Celgene),作价740亿美元。百时美施贵宝在声明中表示,此次交易将创建一家尖端专业的生物制药公司,通过创新药和领先的科学能力,力求满足癌症、炎症、免疫疾病及心血管疾病患者的需求。

  合并后的公司将拥有9种产品,年销售额超过10亿美元,在上述医药领域具有显著的增长潜力。另外,合并后的新公司预计将在近期推出6款新药,潜在营收超过150亿美元。

  交易预计在2019年第三季度完成。此后,百时美施贵宝股东预计将持有新公司约69%的股份,新基制药股东预计持有近31%股份。

  美国药企礼来80亿美元收购Loxo Oncology 押注基因治疗

  美国药企礼来也在今年宣布以80亿美元收购Loxo Oncology,大手笔押注治疗罕见基因突变引发的癌症在研药品,这也是礼来143年历史上最大的一笔收购案。Loxo Oncology是一家仅30人的小型制药公司,着力于非常有潜力基因靶向药,其不少新药治疗癌症的临床数据不错且效果突出。

  

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  《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》今年7月1日起施行

  日前,国务院总理李克强签署国务院令,公布《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》(以下简称《条例》),自2019年7月1日起施行。

  据司法部、科技部负责人介绍,《条例》重在保护我国人类遗传资源,促进人类遗传资源的合理利用,从源头上防止非法获取、利用人类遗传资源开展生物技术研究开发活动。

  另据透露,为了进一步加强对包括“基因编辑”在内的生命科学研究、医疗活动的规范和监管,国务院今年还将加快生物技术研究开发安全管理和生物医学新技术临床应用管理方面的立法工作,与《条例》共同构成全过程监管链条。

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